Denominado formalmente Instituto Superior Iglesia Evangélica Congregacional (ISIEC), comenzó en el año 1940 con el nombre de Seminario para Predicadores.
Una vez constituida la Iglesia Evangélica Congregacional en la Argentina, y en virtud de su crecimiento, se pensó en la posibilidad de enviar a un buen número de jóvenes al seminario de la iglesia homónima en los Estados Unidos, entidad que en esos tiempos llevaba a cabo la enseñanza en alemán. El plan fracasó porque el gobierno argentino no lo autorizó, temiendo que los jóvenes aspirantes buscaran de esta forma escapar al servicio militar obligatorio. En consecuencia, la misión en los Estados Unidos siguió enviando misioneros a nuestro país para colaborar con los pastores locales.
Con todo, al iniciarse la Segunda Guerra Mundial el reverendo Otto J. Tiede, que ejercía su misión en el Brasil, se vio en la necesidad de retirarse de dicho país a causa de la persecución que se desató contra los alemanes. Por recomendación de las autoridades de la misión congregacionalista se trasladó a la Argentina, y al comprobar que ya había dos misioneros trabajando en relación con las congregaciones existentes, consideró oportuno iniciar un Seminario para Predicadores, eligiendo para ello la localidad de Concordia, Entre Ríos. Tiede estuvo al frente del seminario desde su fundación hasta 1947, cuando fue sucedido por el misionero Frederick Schneider y su esposa (que estuvieron un total de doce años, divididos en dos períodos). A continuación de Schneider estuvo el misionero Herbert Schaal (también por un total de doce años, divididos en dos períodos). La docencia de Schaal se caracterizó por su orientación teológica, en tanto que otro misionero que cumplió funciones docentes fue Harold Goldmann, cuya enseñanza estaba orientada más bien hacia los estudios bíblicos.
Inicialmente el Instituto funcionó sucesivamente en dos casas alquiladas para dicho fin en la ciudad de Concordia, hasta que en 1946 se adquirió la propiedad de calle Alberdi 140, que posteriormente fue expropiada por el gobierno nacional para ser destinada a fines de interés público. Fue necesario adquirir otra propiedad (en San Martín 119), donde se desarrollaron las actividades durante veintiún años. Sin embargo, esta propiedad fue vendida en algún momento y el instituto pasó a funcionar en las instalaciones del templo congregacional de la ciudad.
En los primeros años las clases se dictaban en alemán, pero a partir del año académico 1971 se impuso el castellano.
En 1975 y 1976 fue director interino del instituto el pastor Erich Würfel (en reemplazo temporal de Erhard Serfas, quien había sido becado para realizar estudios teológicos en Alemania).
Posteriormente se decidió trasladar el Instituto a la ciudad de Urdinarrain, teniendo en cuenta las ventajas que para la obra de la denominación significaría dicho traslado. En consecuencia, se adquirió un terreno de aproximadamente once hectáreas, donde se levantaron las actuales instalaciones. El traslado a esta ciudad se realizó en el año 1978.
En marzo de 1995, al iniciarse el año académico, el pastor Erhard Serfas, quien dirigió el seminario durante nada menos que 31 años, entregó el cargo de director al pastor Oscar Fuchs, quien fue luego sucedido Elbio Oscar Huck, Emilio R. Wagner, Enrique Ruloff, Armando Nass y desde Marzo del año 2017 a la actualidad, la dirección del ISIEC está a cargo del Pastor Paulo E. Graumann.
Si bien en varias oportunidades albergó estudiantes provenientes de otras denominaciones cristianas, es a partir del año 2005 en que oficialmente abre sus puertas a todo el Cuerpo de Cristo, siendo una institución de apertura interdenominacional.